1) La geomorfología general del área, incluyendo el archipiélago y la formación costera del norte del golfo San Jorge, tiene características únicas en el litoral argentino, combinando los rasgos de la Formación Marifil con la profusión de islas e islotes, caletas, bahías y ensenadas, y la presencia de cordones y pedimentos litorales, excepcionalmente bien conservados, que evidencian los cambios en el nivel del mar durante el Cuaternario. En particular:
a. Las islas proveen hábitats propicios para la cría de numerosas especies de aves y mamíferos marinos tales como el petrel gigante del sur (Macronectes giganteus), la gaviota de Olrog (Larus atlanticus), el pato vapor cabeza blanca (Tachyeres leucocephalus), y para el lobo marino de dos pelos (Arctocephalus australis).
b. La formación general presenta una belleza escénica subyugante, resultando un potencial recurso para el desarrollo turístico.
2) El mar y sus procesos oceanográficos, incluyendo frentes físicos y biológicos originados por los rasgos geomorfológicos característicos de la costa del Parque Marino, como puntas, islas y arrecifes, los cuales pueden tener influencia en la distribución de sedimentos, la agregación de plancton y la distribución de organismos en las comunidades bentónicas.
3) La biodiversidad marino costera de este sector, una de las más destacadas del litoral argentino, que cuenta un profuso elenco de especies animales y vegetales.
4) Los ambientes intermareales, incluyendo marismas con presencia de Salicornia Sarcocornia perennis, cuentan con especies propias y exclusivas. Diversas playas son relevantes como sitio de descanso y alimentación de aves playeras, en especial Bahía Bustamante y Caleta Malaspina, el sector costero desde Punta Tafor hasta Punta Ezquerra y desde las islas Chata y Larga hasta bahía Melo inclusive, además de las bahías de Isla Tova y Viana. Los sitios de parada son escasos a nivel continental y de estos ambientes depende la supervivencia de dichas especies. En particular, Bahía Bustamante se destaca por sustentar poblaciones de playeros rojizos y becasas de mar, ambas especies con alta prioridad para su conservación.
5) Los bosques y praderas de macroalgas, especialmente los bosques de cachiyuyo  praderas de Gracilaria gracilis. Los ensambles submareales de macroalgas constituyen hábitats para gran diversidad de invertebrados bentónicos y varias especies de peces costeros, algunos de los cuales son importantes presas para aves y mamíferos marinos. Las praderas de Gracilaria gracilis en Argentina están restringidas a Chubut, encontrándose las más importantes en aguas del PIMCPA.
6) Los ensambles de peces, particularmente los condrictios y los peces de arrecife, éstos últimos residentes de cuevas rocosas localmente denominadas “salmoneras”.
7) Los ensambles de aves marinas y costeras. La zona es utilizada por 55 especies de aves marinas y costeras que nidifican, se alimentan y/o descansan en el área. Algunas de estas especies revisten carácter de vulnerables, cercanos a la amenaza o en peligro de extinción, tales como el albatros ceja negra, albatros real, petrel negro, pardela cabeza negra, flamenco austral, paloma antártica, chorlito ceniciento y playero rojizo.
8) El pato vapor Cabeza Blanca. Especie emblema del parque, endémica de Chubut y considerada globalmente vulnerable. El 50% de la población reproductiva mundial se encuentra dentro del PIMCPA.
9) El pingüino de magallanes, el PIMCPA reúne el 10 % de la población reproductiva mundial.
10) La gaviota de Olrog.  El sector norte del golfo constituye una de las dos únicas áreas de cría de esta especie amenazada, que reproduce solamente en Argentina.
11) El Petrel Gigante del Sur con colonias reproductivas en las islas Arce y Gran Robredo. Las islas e islotes del Parque Marino también albergan el 25% de los Cormoranes Imperiales y casi el 40% de los Cormoranes Cuello Negro de la Argentina.
12) Los apostaderos de lobos marinos: el PIMCPA cuenta con 24 apostaderos de lobos marinos de un pelo y un apostadero de lobos marinos de dos pelos en la isla Arce.
13) Diversidad de especies de cetáceos, incluyendo la tonina overa, delfín austral, delfín oscuro, delfìn gris , orca y la ballena franca austral.
14) El pastizal templado y mallines y el elenco faunístico asociado.
15) El elenco de mamíferos de estepa, en particular la mara,  roedor endémico de gran tamaño y con estructura social peculiar.