La Reserva Bahía de Samborombón consta de un área terrestre, la Reserva Natural Integral, y un área marina, la Reserva Natural de Objetivo Definido. Esta área protegida forma parte de las áreas naturales de la Bahía de Samborombón, que se ubican a lo largo de toda la Bahía, desde Punta Piedras hasta el Cabo San Antonio. La bahía es una zona intermareal extensa, constituida principalmente por bañados, pantanos salobres y cangrejales. Alberga humedales de gran importancia para la biodiversidad, en particular para un amplio número de especies de aves migratorias. Esta zona es también uno de los últimos refugios para el venado de las Pampas (Ozotocerus bezoarticus celer) y para los pastizales pampeanos.

Las áreas anegables, marismas y pantanos, llamados genéricamente humedales, son importantes hábitats y refugios de especies amenazadas que además poseen un alto valor de productividad. La zona de costa y aguas someras, que no presentan utilización humana concreta y real, son sin embargo sustanciales para el funcionamiento del resto de la bahía, ya que constituyen un sitio de máxima productividad y generan recursos no solo a la reserva misma, sino a todas las especies circundantes, pues son sitios de reproducción de innumerables organismos marinos base de importantes actividades económicas.